研究生院设有文学、教育学、法学、经济学、理学、医学、工学、农学、信息学等14个研究科，包含83个研究方向。研究生教育与学部教育结合在一起，这样可以充分利用人力、图书馆情报资料、仪器设备等资源，学部、研究生院各科、研究所三位一体，对出成果和人才培养均有利。
研究生院介绍
文学研究科：文献文化学，思想文化学，历史文化学，行动文化学，现代文化学
教育学研究科：教育科学，临床教育学
法学研究科：基础法学，公法，民刑事法，政治学
经济研究科：经济系统分析，经济动态分析，组织经营分析，现代经济学
理学研究科：数学及数理解析，物理学及宇宙物理学，地球行星科学，化学，生物科学
医学研究科：医学，社会健康医学系，人体健康科学系，社会健康医学系
药学研究科：药科学，医药创成信息科学
亚非地域研究研究科：东南亚地域研究，非洲地域研究，全球地域研究
信息学研究科：智能信息学，社会信息学，复杂系科学，数理工学，系统科学，通信信息系统
生命科学研究科：综合生命科学，高等生命科学
地球环境学堂：地球环境学，环境管理
经营管理大学院（MBA）
工学研究科：土木工学，土木系统工学，资源工学，环境工学，环境地球工学，建筑学，生活空间学，机械 工学，机械物理工学，精密工学，原子核工学，材料工学，航空宇宙工学，电气工学，电子物 性工学，材料化学，物质能量化学，分子工学，高分子化学，合成?生物化学，化学工学
能量科学研究科：能量社会?环境科学，能量基础科学，能量变换科学，能量应用科学
农学研究科：农学，森林科学，应用生命科学，应用生物科学，，地域环境科学，生物资源经济学，食品生 物科学
东京大学
九州大学
北海道大学
名古屋大学
神户大学
筑波大学
岐阜大学
宫崎大学
香川大学