■ 学部（11个）
・文学部（人文学科）
・国际文化学部（国际文化学科）
・发达科学部（人类形成学科、人类行动学科、人类表现学科、人类环境学科）
・法学部（法律学科）
・经济学部（经济学科）
・经营学部（经营学科）
・理学部（数学科、物理学科、化学科、生物学科、地球行星科学科）
・医学部（医学科、保健学科）
・工学部（建筑学科、市民工学科、电气电子工学科、机械工学科、应用化学科、情报智能工学科）
・农学部（食料环境系统学科、资源生命科学科、生命机能科学科）
・海洋科学部（海洋技术经营管理学科、海洋物流科学科、海洋工学技术学科）
■ 大学院（14个）
・人文学研究科（文化构造、社会动态）
・国际文化学研究科（文化相关、全球文化）
・人类发达环境学研究科（人类发达、人类环境学）
・法学研究科（理论法学、政治学、实务法律）
・经济学研究科（经济学）
・经营学研究科（经营学、现代经营学）
・理学研究科（数学、物理学、化学、生物学、地球惑星科学）
・医学研究科（生物医学、医科学）
・保健学研究科（保健学专攻）
・工学研究科（建筑学、市民工学、电气电子工学、机械工学、应用化学）
・系统情报学研究科（系统科学、情报科学、计算科学）
・农学研究科（食料共生系统学、资源生命科学、生命机能科学）
・海事科学研究科（海事科学）
・国际协力研究科（国际开发政策、国际协力政策、地域协力政策）
2010年，日本在神户人工岛设置了世界最先进的超级计算机，神户大学借此机会将工学研究科的系统情报的相关学科独立出来，成立了系统情报学研究科，并设置了系统科学、情报科学、计算科学三个专业。
东京大学
九州大学
北海道大学
名古屋大学
神户大学
筑波大学
岐阜大学
宫崎大学
香川大学