东京大学物理学部设置：1.理学部：物理学科
原子核物理学：原子核理論、原子核実験
素粒子物理学：素粒子理論、素粒子実験
物性物理学：物性理論、物性実験
宇宙物理学：宇宙理論、宇宙実験
一般物理学：量子情報、レーザー科学（激光科学）、非平衡？プラズマ（非平衡等离子体）、生物物理
2.工学部：物理工学科
学生学习物理工学科，第二年后半学期及第三年会扎实学习数学和物理基础知识，包括物性理論、固体物理、半導体物理、レーザ（激光）、非線形光学、量子情報、ソフトマター物理（软物质物理）、生物物理等方面的内容。4年级生会被分到相应的研究室，学习的同时进行毕业研究。
日本东京大学物理学专业设置：大学院
1.理学系研究科：物理学専攻
原子核理論（A0）
素粒子理論（A1）
素粒子原子核実験、加速器（A2）
物性理論（A3）
物性実験（A4）
一般物理理論（A5）
一般物理実験（A6）
生物物理（A7）
宇宙宇宙素粒子実験（A8）
2.工学系研究科：物理工学専攻
物性理論計算物理
先端物質創成
量子物性
光科学量子情報量子計測
分子性物質ソフトマター 生産技術研究所
物性研究所
东京大学能源开发研究
日本政府每年投放多达80亿日元给东京大学、京都大学、九州大学等数所大学进行核聚变的基础论研究，以此进行新能源的开发；东京大学的理学部、原子能所、工学部等单位联手进行加速器科学、基本粒子、原子能等方面的理论与工程研究并已取得了初步的成果。
东京大学宇航研究
以东京大学宇宙线研究所为依托单位，由日本政府每年拨款百余亿日东京大学校园的银杏东京大学校园的银杏元设备制造费和试验费，至今已发射了14颗卫星和多颗运载火箭，进行极光观测、探测行星和地球磁场、开展天文物理及无人宇宙实验室的试验。
九州大学
北海道大学
名古屋大学
神户大学
筑波大学
岐阜大学
宫崎大学
京都大学
香川大学