日本开展宗教理论教育的机构为数不多，同志社大学神学部自1875年开设以来一直是基督教神学领域的先驱。通过深入学习宗教，可更深刻、全面地了解人类及其社会、文化与历史。
从2003年起，神学部开始大力开展犹太教、基督教和伊斯兰教这三大一神论宗教的跨学科教学。全世界信奉犹太教、基督教或伊斯兰教者占人口总数的55%。要了解全球宗教的现状，就必须学习关于亚伯拉罕诸教的知识。神学部的目标是，发挥\“中介者\”的作用，实现全球宗教与文明之间的和平共处与相互理解。
为了便于学生根据自己关心的问题自由搭配课程，神学部已将必修课的数量降至最低。同时，学生还可提高学习三大闪族宗教所需的希伯来语、希腊语、拉丁语和阿拉伯语等语言的能力。
神学部已培养出众多\“基督教专家\”，如在医院和福祉机构工作的牧师、教师、社会工作者以及顾问等。
同志社大学大学院神学研究科
在宗教理论教育机构为数不多的日本，同志社大学神学研究科占有特殊而又重要的宗教教育中心地位。神学研究科设有神学硕士和神学博士课程。神学硕士学位课程设有五个专业：圣经神学、历史神学、系统神学、实用神学以及一神论宗教的跨学科研究。
圣经神学课程的目标是，在特定社会背景和文化背景下对《圣经》进行文字分析，从而加以理解和诠释。历史神学课程的主要内容是，各种基督教信仰、活动和团体的发展历史。系统神学课程的内容是，透彻理解各种宗教思想及其对我们的社会问题的意义与关系。实用神学课程则对学生进行理论和实践方面的培养，为其从事牧师、教育和社会工作做好准备。一神论宗教的跨学科研究课程旨在对犹太教、基督教和伊斯兰教进行跨学科的广泛研究，以期各种宗教传统的共存。
同志社大学神学专业课程设置
1、神学部
a、必修科目：神学入门
b、选択科目：神学関系科目
旧约圣书学入门、旧约圣书解釈学、新约圣书学入门、新约圣书解釈学、圣书とその周辺、圣书学演习、新约圣书学演习、キリスト教史入门、中世キリスト教史、歴史神学概论、日本キリスト教史、宗教改革の研究演习 日本キリスト教史演习、キリスト教伦理、教义学、现代神学の论点、近现代思想家の宗教観演习、宗教\？歴史\？人间、キリスト教からの展望、実践神学総论、宗教と差别、教会教育学、说教学、賛美歌の研究、実践神学の课题、牧会学演习 教会探検队、メディアと宗教、キリスト教音楽、性と宗教、アメリカ映画とキリスト教、アフリカン\？アメリカン（美国）の霊歌演习、ゴスペル（福音）音楽演习、イスラーム（伊斯兰教）概论、イスラーム法学、イスラーム思想、现代イスラーム世界 イスラーム法学演习、シーア派\？イスラーム论、イスラーム史概论、现代イスラームの诸问题 现代イスラーム社会と文化の演习、イスラーム社会の诸相、ペルシア语入门、アッカドの言语と文化、ユダヤ（犹太）学概论、ユダヤ教とその周辺文化、20世纪のユダヤ教演习、现代ヘブライ语\？ヘブライ文学読解演习、宗教研究入门、宗教社会学、宗教人类学 诸宗教とキリスト教、古代イスラエル宗教史、仏教概论、同志社とキリスト教、一神教研究、日本宗教入门演习等等。
东京大学
九州大学
北海道大学
名古屋大学
神户大学
筑波大学
岐阜大学
宫崎大学
京都大学
香川大学